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市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫

抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）

剧情紧接前作展开，航空都市舰武藏在救出赫莱森·阿利亚达斯特之后，离开三河启航前往英国，希望能获得英国的支援。但由于无敌舰队海战历史再现开战在即，三征西班牙害怕英国与武藏联手，决定先声夺人攻击武藏。面对三征西班牙精锐攻击，武藏与之相对后顺利逃脱，但在英国边境却遭受英国“女王的盾符”成员攻击，不得已只好暂时与赫莱森等人搭乘的运输舰切割。运输舰总算是平安登陆在第四阶层的海岸，英国却不准武藏舰登陆。武藏与英国经过谈判，决定举办联合校庆，但后续发展依旧困难重重。而此时，点藏·库罗斯优奈特在海岸边遇到一个浑身伤痕的神